Said Halim Paşa sadrazamlıktan ayrıldıktan sonra yalısına çekilerek, Osmanlı toplumunun meselelerine çare bulmak için eserler yazmaya devam etti. Bu arada da â'yan a'zalığı görevini de devam ettiriyordu. 

Bu sırada savaş sonlanmış ve Osmanlı Devleti ve müttefikleri savaşı kaybetmişlerdi. Bunun üzerine görevde olan Talat Paşa 8 Ekim 1918'de istifa etti ve 14 Ekim'de sadaret makamına Ahmed İzzet Paşa getirildi. Said Halim Paşa İttihat ve Terakki Cemiyeti'nin dağılmak üzere olduğunu gördü ve Muhafazakâran Fırkası'nı kurmaya çalıştı ancak başarılı olamadı. 

Savaş cephede bitmiş ancak masada hala devam etmekteydi. Savaşan devletler arasında çeşitli antlaşmalar imzalanıyordu. Osmanlı 30 Ekim 1918'de Mondros Ateşkes Antlaşmasını imzaladı. Bunun üzerine Talat, Enver ve Cemal Paşalar İstanbul'dan firar ettiler. Bu firar olayı ile zor durumda kalan Ahmed İzzet Paşa kabinesi Sultan VI. Mehmed'in tazyiki ile istifa etmek durumunda kaldı. 

Savaşın kaybedilmesi sonucu ülkeyi savaşa sürükleyen ve savaş sırasında yanlış kararlar veren insanlar üzerine ağır eleştiriler yöneltilmeye başladı. Eleştiriler genelde Said Halim Paşa ve Talat Paşa kabinesineydi. Talat Paşa bu tartışmalar başlamak üzereyken İstanbul'dan firar etmişti. 1918'in son aylarında â'yan Meclisinde devleti savaşa sürükleyenler için bir "Encümeni Mahsus" kurulmasını ve gerekli görülen kişilerin Divan-ı Âliye sevkedilmesine karar verildi. Bu görüş ortaya atıldığında Said Halim Paşa yürekli bir çıkış yaparak kendisi için Divan-ı Âlî kurulmasını istedi. Bu süreç sonunda ilk olarak Talat Enver ve Cemal paşaların dışında kalan Harp Kabineleri azalarının sorgusu yapıldı.

Bu arada Padişah VI Mehmed İttihad ve Terakki ileri gelenlerinin yurt dışına çıkmasını istiyordu. Bu sayede ülkenin bulunduğu o durumda yeni kabine kurmada ve gereki sulh antlaşmaları imzalama aşamasında sorunlar yaşamak istemiyordu. Padişah Said Halim Paşa'ya da yurt dışına çıkması için telkinde bulunmuşsa da Paşa bunu kabul etmedi.

Divaniye Mebusu Fuad Bey, Prens Said Halim Paşa ve Talat Paşa Kabinleri'nin Dîvân-ı Âliye verilmesi ile ilgili olarak verdiği on maddelik takrirde şu konular üzerinde duruyordu:

1- Sebepsiz ve vakitsiz harbe girmeleri,
2- Harb ilânının sebepleri ve harbin cereyanı hakkında Meclis-i Umûmî'ye doğru bilgi verilmemesi.
3- Seferberlikten sonra ve harbin ilânından evvel İtilâf Devletleri tarafından önerilen faydalı tekliflerin kabul edilmemesi.
4- Harbin dirayetsiz ve istikametsiz ellere borakılması,
5- Kânûn-ı Esâsiye'ye aykırı kanunlar, emir ve nizamlar çıkarılması yani tehcir olayı.
6- Harbin gidişatından halkı haberdar etmemeleri.
7- Harp seneleri zarfında İtilâf devletleri tarafından tekrarlanan sulh tekliflerinin geri çevirilmesi.
8- Harp sırasında bir takım ihtikar ve suistimallerin önünün alınmaması.
9- Matbuata sansür konulması
10- Çetelere göz yumulması

Said Halim, ve Talat Paşa kaineleri bu hususlar çerçevesinde suçlanmaktaydılar.Bu savaş Osmanlı yüzünden kaybedilmemişti ancak ortada bir zarar verdi ve bu kaybın failleri aranıyordu. 

Said Halim Paşa Osmanlı Devleti'nin vakitsiz harbe girildiğini kabul etmekle birlikte, bunun "harb-i umûmide ta'kib etmiş olduğu istikâmetin yanlışlığını" göstermediğini ancak bu konuda "ta'kîb ettiği siyasetin lâyıkıyla tatbîk edilemediğini gösterir" demektedir. Yine Said Halim Paşa, "Türkiye'nin" Birinci Dünya Savaşı'nda tarafsız kalamayacağını çünkü devletin istiklâl ve istikbâlini te'min edemeyeceği hakikatini anladığını ve tehlikenin büyüklüğünü hissettiği için harbe girdiğini ifade etmektedir. Devletin tarafsız kalması halinde alçakça bir ölümü tercih etmek durumunda olduğunu yazmaktadır. O dönemlerde savaşa girip girilmemesi konusunda ciddi tartışmalar yaşanmıştır. Siyaset olarak Said Halim Paşa sonuna kadar savaşta tarafsız kalmaya çalışsa da meydana gelen olaylar Osmanlı'yı savaşın içerisine çekmiştir. Nihayetinde de Osmanlı savaşa Almanya saflarından katılmak durumunda kalmıştır. Mustafa Kemal'in bu konudaki görüşünü Heyet-i Temsiliye adına 10 Ekim 1919'da Sivastan Harbiye Nâzırı Cemal Paşa'ya yazdığı bir mektupta Osmanlı'nın Cihan Harbi'nde tarafsız kalmasının mümkün olmayacağı şeklinde beyan etmektedir. 

...

Ahmet İzzed Paşa'nın istifasından sonra 11 Kasım 1918'de Tevfik Paşa sadarete getirildi. 13 Kasım'da İngiliz, Fransız, İtalyan ve Yunan harb filoları Padişahın oturduğu Dolmabahçe Sarayı önünde demirlediler. Artık İstanbul İtilâf Devletleri'nin denetimi altına girmeye başlamıştı. 

2 Aralık 1918'de Harp Kabineleri'nin itham edildiği sansür meselesi tekrar Tevfik Paşa Hükümeti tarafından yürürlüğe kondu. 21 Aralık'ta İtilaf Devletleri'nin zorlaması ile Meclis-i Mebûsân fesh edildi.

8 Ocak 1919 tarihli irâde-i seniye ile husûsî Dîvân-ı Harpler kuruldu. Bu mahkemelerin kurulmasında özellikle İngilizlerin baskıları da söz konusu idi. İngiliz tutsaklara kötü muamelede bulunanların da cezaya çarptırılmasını istenmekteydi. Padişah ve hükümet yetkilileri de bu konuda her türlü yetkiyi İngilizlere veriyorlardı. Hatta Padişah İngiliz yetklilere yazdığı bir mektupta İngiltere'nin cezalandırılmasını istediği her ferdi İngiltere'nin arzu ettiği şekilde yakalatıp cezalandırmaya hazır olduklarını bildiriyordu. 

12 Ocak 1919'da Tevfik Paşa hükümeti Dahiliye Nâzırı Mustafa Arif Beyin Kabine dışı bırakılması sonucu istifa etti. Ertasi gün Padişah hükümeti kurma görevini yeniden Tevfik Paşa'ya verildi ve İttihatçı düşmanı Ahmed İzzat Bey, Dâhiliye Nezâreti vekilliğine getirildi. 

Tehcir'den dolayı tutuklu bulunan eski Diyarbakır valisi Dr. Reşit Bey 25 Ocak'ta hapisten kaçtı. Bunun üzerine Padişah ve hükümet 30 Ocak 1919 günü 30 kadar İttihatçıyı tevkif ettirdi. H. Cahit, İsmail Canbulat, Kara Kemal, İzmir Valisi Rahmi, Emanuel Karasu, Mithat Şükrü, Hüseyin Kadri, Tevfik Rüştü ve Ziya Gökalp tutuklananlardan bazılarıydı. 6 Şubat 1919'da yakalanacağın anlayan Dr. Reşit Bey beynine kurşun sıkarak intihar etmiştir.

İngiliz Yüksek Komiserliği 1 Şubat 1919'da İngiliz tutsaklarına kötü muamelede bulunan 23 kişilik bir liste verdi ve bu kişilerin kendilerine teslim edilmelerini istedi. 2 Şubat 1919 tarihli Vakit Gazetesi'nde yer alan gazetede Meclis-i Vükelâ'nın 32 kişilik tevkif listesi düzenlediğini ve bu listenin 10'u nun nezaret altında bulundurulmaları lüzumuna işaret edilmektedir. Bu arada nezaret altında bulunanlar arasında Said Halim Paşa'nın da olduğu kaydedilmektedir. İngiliz 1919 ve 1920 yıllarında yakaladığı Türk ileri gelenlerini Malta'ya sürmüştür.

12 Şubat'ta İstanbulda'ki Fransız Yüksek komiseri General Franchet d'Esperey, Sadrazam Tevfik Paşa'dan, Said Halim Paşa, Hayri Efendi, sabık â'yan reisi Topal Rıfat, Cavid, İbrahim, Ali Münif, Şükrü, Ahmed Nesimi, Hoca Ali Galip, Ömer Naci, Halil ve Yunus Nadi'in tevkifini istedi. Tevkif edilmesi istenen kişilerin listesi bunlarla sınırlı değildi. İngilizler bilahere verdiği başka bir listede içerisinde Mustafa Kemal, Kazım Karabekir ve İsmet Paşa'ların da isimlerinin yer aldığı başka bir liste daha söz konusudur. Bu listelerde yer alan kişilerin bazılarının eski nâzırlar olduğundan, kabine gerekli yargılamaların yapılabilmesi ve Harp Divanları'nın yetkili kılınması için bir bir kararname hazırladı. Bu kararnameyi Padişah Kânûn-ı Esâsiye'ye aykırı olduğu gerekçesi ile imzalamadı. Bunun üzerine Tevfik Paşa Hükümeti istifa etti ve 4 Mart 1919'da Damad Ferid Paşa sadrazamlığa getirildi. Damad Ferid Paşa'nın ilk işi subaylardan oluşan bir Dîvân-ı Harb-i Örfî kurmak oldu. Aynı gün Meclis-i Vükelâ'nın aldığı kararla yalnız İdare-i Örfiye Kararnamesi'nde yer alan suçların faillerinin değil aynı zamanda memleketi Harbe sokanları , İslam, Ermeni ve Rum "tehcir" ve "katliamını" düzenleyenleri ve vatandaşı birbirini öldürmeye teşvik edenleri ve ulaşım vasıtalarını vurgun yolunda kullananları da muhakeme etme yetkisi veriliyordu. 

10 Mart 1919'da Damad Ferid Paşa Kabinesi harb sorumlusu ve "tehcir" olayına karışanlardan oluşmak üzere eski nazırları, subayları ve İttihat ve Terakki'nin ileri gelenlerinden 66 kişiyi tevkif ettirdi. Tevkif edilenler arasında sabık Sadrazam Said Halim Paşa, Musa Kazım Efendi, Fethi (Okyar) Bey, Abbas Halim Paşa, Ahmed Emin (Yalman) gibi isimler de yer almaktaydı. Tutuklananlar Bekirağa Bölüğüne getirildiler. Bekirağa Bölüğü bugün İstanbul Üniversitesi avlusunda bulunan ve vaktiyle askeri hapishane olarak kullanılan bir binadır. 

8 Nisan 1919 günü Divan-ı Harbi Örfi, Boğazlıyan Kaymakamı ve Yozgat Mutasarrıf vekili Kemal Bey'i Ermeni Tehciri nedeniyle idama mahkum etti. 10 Nisan'da ise idam edildi. Bu olay hak arasında çok üyük bir tepkiye neden oldu. 28 Nisan'dan itibaren İttihat ve Terakki'nin ileri gelenleri yargılanmaya başlandı. Yargısı yapılan ilk isimlerden biri Said Halim Paşa idi ve kendisiyle birlikte beş kişi idamla yargılanıyorlardı. Said Halim Paşa'nın avukatları Hasan Hayri (Tan) ve Celalettin Arif Bey'di. Yargının asıl konusu "Ermeni kırımı" idi. 13 Mayıs 1919'da Aşçıyan isimli bir Ermeni, Divan-ı Harb-i Örfi'nin isticvab hakimliğine atandı. 15 Mayıs'ta İzmir'e Yunanlıların çıkması üzerine, Türk ileri gelenlerinin "Ermeni kırımı ve tehcirden" mahkum edilmeleri imkansız hale geldi. Ancak İngilizler ve Damad Ferit Paşa İttihatçıları serbest bırakmaya göze alamadı ve Malta'ya sürülmeleri gündeme geldi.

16 Mayıs'ta İzmir'in işgali sebebiyle hükümet istifa etti. Hükümeti kurma görevi yeniden Damad Ferid Paşa'ya verildi.

1919 Mayıs ortasında Bekirağa Bölüğü'nde 250 kadar mahkum bulunmaktaydı. İngilizler bunların hepsini Malta'ya sürmeyi düşünüyordu. İlk etapta 59 kişinin Malta'ya götürülmesi planlanmaktaydı. İlk etapta gideceklerin içerisinde 19 kişi "azılılar" olarak tespit edildi. Bu "azılıların" içerisinde Said Halim Paşa da vardı. 

Said Halim Paşa'nın sürgün hayatı, hükümetin talimatlara uymadığı gerekçesi ile İngilizlerin Bekirağa bölüğünü basmaları ile başlamıştır. Bu baskın sonucu 67 tutuklu Prenses Ena gemisi ile denize açılmıştır. Gemide bu tutukluların yanısıra 11 Kars Şûrası üyesi de vardı. Bu kişiler gizli olarak İngilizler tarafından tevkif edilmiş ve gemiye bindirilmişlerdi. Tutuklular arasında Said Halim Paşa ile beraber kardeşi Abbas Halim Paşa, Ziya Gökalp, Fethi (Okyar), sabık şeyhülislam Hayri Efendi gibi isimler de yer almaktaydı. İngilizler tutukluları sınıflara ayırmışlardı. Said Halim Paşa, eski nâzır ve bir kısım siyasetçinin bulunduğu birinci sınıf tutuklular arasında yer almaktaydı. 29 Mayıs'ta Prenses Ena gemisi Mondros limanına uğradı ve birinci sınıf tutukluları burada bırakarak ayrıldı. Böylece Said Halim Paşa'nı sürgün hayatının ilk durağı Mondros oldu. Diğer tutuklular Malta'ya götürüldüler. Bu arada kalanlar için mahkeme devam etmekteydi. Mahkeme Malta'ya götürülenlerin muhakemesini ileri bir tarihe erteledi.

Öte yandan yurtta kalanlar için mahkeme devam etmekteydi. Dîvân-ı Harb-i Örfi 13 Temmuz 1919'da önemli bir karar verdi. Bu kararda sabık Sadrazam Talat Paşa'yı, sabık Harbiye Nâzırı Enver Paşa'yı, sabık Harbiy Nâzırı Cemal Paşa'yı, sabık Ma'arif Nâzırı Doktor Nazım Efendiyi idama mahkum etti. Bunun yanında pek çok sanğa da 15'er yıl kürek cezası verildi. 

12 Ocak 1920'de daha önce kapatılan Meclis-i Mebusan açıldı. Bu meclisteki 140 millet vekilinden 80'i Kuvay-ı Milliyeci'dir. Meclis 28 Ocak 1920'de yaptığı gizli toplantıda Misak-ı Milli'yi kabul etti. Bu arada 16 Mart 1920'de İstanbul resmen işgal edildi. Meclis İngilizler tarafından basılarak bazı mebuslar Malta'ya sürüldü. Bu olaydan sonra Meclis ilk önce tatil edildi ve 11 Nisan 1920'de resmen kapatıldı. 

Mustafa Kemal, Rauf Bey ve arkadaşlarının tutuklanmaları ihtimali üzerine 22 Ocak 1920'de 15. kolordu komutanı Kazım Karabekir'e çektiği telgrafta Anadolu'da bulunan İngiliz subaylarının tevkif edilmelerini ve Erzurum'da bulunan Rawlingson'un kaçırılması için tedbir alınmasını istedi. Aynı telgraf Sivas ve Konya'daki komutanlara da çekildi. İstanbul'un işgali sonucunda Kazım Karabekir harekete geçerek önce Yarbay Rawlingson'u daha sonra da Konya'daki kolordu komutanı Campbell'i tevkif ettirdi. Anadolu'da 30 yakın İngiliz subayı gözaltına alındı.

"Ermeni kırımından sanık" olan sabık Urfa Mutasarrıfı ve Baburt Kaymakamı Nusret Bey 20 Temmuz'da idam cezasına çarptırıldı ve 5 Ağustos'ta Beyazıd Meydanında asıldı. 10 Ağustos 1920'de ise beşinci defa sadrazamlığa seçilen Damad Ferid Paşa kabinesi tarafından Sevr Antlaşması imzalandı. Türk Milleti'nin ölüm fermanı olan bu antlaşmayı Padişah VI Mehmed tastik etmemiştir. 

Mondoros'ta ilk sürgün günlerini geçiren Said Halim Paşa daha sonra Malta'ya sürüldü. Burada da çeşitli mekan değişiklikleri oldu. Paşa'nın sürgün hayatı ile ilgili olarak söylenebilecek en önemli olay, sürgünden eski Osmanlı Sadrazamı olarak ileri gelen devletlerin başkanlarına yazmış olduğu mektuplardır. 

Said Halim Paşa'nın bu mektuplarında genel olarak Osmanı'nın savaşa girme nedenleri anlatmakta savaş öncesi ve sonrasında yapılan antlaşmalardan bahsetmektedir.Paşa aynı zamanda bu mektuplarında kendisi ile ilgili bazı taleplerini de dile getirimekteydi. Serbest kalma veya iyi muamele görme konusunda Paşa'nın bazı makamlarla yazışmaları olmuştur. Bazı yazarlar tarafından bazı mektuplarda kullandığı üslup ağır bir şekilde eleştirilmektedir. 

Paşa'nın yazdığı en önemli mektuplardan birisi Sevr Görüşmeleri sırasında Hilal-i Ahmer arması ve köşesinde Türk Bayrağı olan kağıtlara 38 sayfalık mektubudur. Paşa bu mektubu İngilizce, Fransızca ve Türkçe olarak kaleme almıştır. Paşa bu mektubu Amerika başkanı Wilson'a, İngiliz Başbakanı Lloyd George'e ve Fransız Başbakanı Monsiev Clemencea'ya göndermiştir. Paşa, mektubunda Osmanlı Devleti'nin yerini alabilecek tek bir devletin olduğunu, onun da yine Osmanlı Devleti'nin olduğunu yazmıştır. Paşa mektubunda şu satırlara yer vermekteydi:

"Osmanlı İmparatorluğu'nu cihan çok arayacak ve onun elinden alınmış yerlerde kurulan kifayetsiz, su'ni devletler, ne idarelerine devdi ve emanet edilmiş halka, ne de devletler manzumesine faydalı, şerefli bir hizmet ifa edemeyecekler bu topraklar üzerinde hakimiyet kavgası son bulmayacaktır. Günahın mes'ulleri bu hakikatleri bimeden veya unutulmuş olarak hatyı irtikab edenlerdir."

Ayrıca Malta Sürgünleri'nin dünya tarafından bilinmediğinden hareketle bir propoganda faaliyetine girişilmiş ve bu amaçla bir heyet kurulmuştur. Bu heyette Said Halim Paşa, Fethi Bey, Ali İhsan Paşa, Ağaoğlu Ahmed Bey, Şükrü Bey, Celal Nuri Bey, Fevzi Bey ve Ahmed Emin Bey yer almaktaydı.

Malta'da bulunan mahkumların Sevr Antlaşması'nde alınan kararlar sonucunda "savaş suçuları" müttefik ülkelerin mahkemelerinde yargılanmaları sağlandı. Bu sayede tutukluların yargı süreci tekrar başladı. Said Halim Paşa ile ilgili olarak açılan davada "Ermeni tehciri" ile ilgili delil aranma süzrecine girildi. Ancak istenilen belgeler İngiliz ve Amerikan arşivlerinden sağlanamadı. İngiliz Başsavcılığı, 21 Temmuz 1921'de Dışişleri bakanlığına gönderdiği yazıda eldeki delillerle "suçluların mahkum ettirilemeyeceğini" bildirdi.

Bu arada Malta'da buluna tutukluların Türkerin elinde bulunan esirler karşılığında salıverilmeleri söz konusu oldu. Bu mesele İngiliz Savunma Bakanı Winston Churchill tarafından 29 Mayıs 1920'de gündeme getirildi. Ancak bu İngiliz Dışişleri Bakanlığı tarafından kabul edilmedi. Bu konu ile ilgili iki taraf arasında siyasi görüşmeler ve pazarlıklar yapıldı. Çeşitli müzakereler sonucunda İngilizler, esirleri karşılığında 64 Türk tutukluyu salıvermeyi kabul etti. Ancak İngilizler Yunan orduları'nın Burşa ve Uşak yöresine saldırmaları üzerine salıvermeden vazgeçse de kazanılan İkinci İnönü Muharebesi'nden sonra 40 kişiyi salıvermiştir. Bu salıverme olayında kazanılan Birinci ve İkinci İnönü Muharebeleri çok etkili olmuştur. 29 Nisan 1921'de Said Halim Paşa, Abbas Halim Paşa, Hüseyin Cavit Bey ve İbrahim Saip Bey Malta'dan İtalya'ya gönderildiler. 25 Ekim 1921'de de diğer tutukulularda serbest bırakıldılar. 

Said Halim Paşa 29 Nisan 1921'de tahliye olduktan sonra önce Sicilya'ya ardından da Roma'ya gitti. Paşa'nın sürgün arkadaşları İstanbul'a dönmelerine rağmen kendisi dönemedi. Malta'da sürgünde bulunduğu sırada Taşnaksutyan komitesi Paşa'yı idma mahkum ettiğine dair bir mektup göndermişti. Said Halim Paşa kendisinden sonra sadrazamlık yapmış olan arkadaşı Talat Paşa Berlin'de öldürüldü. Paşa bunu serbest kaldıktan sonra öğrenebildi. 

Said Halim Paşa 57 yaşında iken 6 Aralık 1921'de Salı günü akşamı evinin önünde Ermeni bir komiteci tarafından alnından vurularak şehid edilmiştir. Arşavir Çıracıyan adlı bu komiteci daha sonra Taşnaksutyan Komitesi tarafından milli kahraman ilan edilmiş, İtalyan polisi ise Roma'da öldürülen Said Halim Paşa'nın katilini yakalama zahmetine katlanmamıştır. 

Talat Paşa, Said Halim Paşa'ların öldürülmesinde İngiliz Entellijans Servisi'nin etkili olduğu tahmin edilmektedir. Paşa'nın yazmış olduğu mektupların özellikle Amerika üzerinde etkili olduğu bilinmekte vye İngiltere'nin bu mektuplardan rahatsız olması nedeniyle Paşa'yı öldürdüğü ileri sürülmektedir. 

Kendi vatanına sokulmayan Said Halim Paşa'nın cenazesi İstanbul'a getirilerek 29 Ocak 1922'de Yeniköy'deki yalısından alınarak biyik bir merasimle toprağa verildi. Said Halim Paşa'nın nâşı Sultan II. Mahmud Türbesi bahçesinde yatan babasının yanına gömüldü.

---